Думаю что вряд ли вибрация педали газа из-за опоры КПП. Проверить и при необходимости заменить конечно нужно, благо сама опора недорогая а работа по замене несложная. Но вряд ли эти вещи взаимосвязаны, проблема вибрации педали газа на логанах достаточно распространена, многие на это просто не обращают внимание. Если конечно проблема только в вибрации.